Eu pensei que já existia um pouco mais, mas de acordo com este ,
O MySQL 5.7.4 introduz a capacidade de definir limites de tempo de execução do lado do servidor, especificados em milissegundos, para instruções SELECT somente leitura de nível superior.
SELECT
/*+ MAX_EXECUTION_TIME(1000) */ --in milliseconds
*
FROM table;
Observe que isso só funciona para instruções SELECT somente leitura.
Atualização: Esta variável foi adicionada no MySQL 5.7.4 e renomeada para
max_execution_time
no MySQL 5.7.8. (fonte
)