Bem
$company->employees retorna uma coleção, ->id não é uma propriedade na coleção, é por isso que você recebe o erro. Se você quiser recuperar um array contendo todos os ids de seus funcionários, você pode fazer isso:
$company->employees()->lists('id');
Se você estiver lendo isso e usando laravel
^5.3.* então a resposta seria:$company->employees()->pluck('id');
Isso retornaria uma coleção com todos os ids, se você quiser que seja um array, você pode encadear o
->toArray() atrás dele. 
