Para tabelas InnoDB , o limite é de 3072 bytes em todas as colunas indexadas, presumivelmente levando apenas os primeiros 767 bytes de cada coluna.
http://dev.mysql.com/doc/refman /5.1/en/innodb-restrictions.html
Então, baseado estritamente na documentação, eu diria que você pode ter até 1000 colunas em seu índice (o número máximo de colunas em uma tabela InnoDB), desde que o tamanho médio de cada uma seja de 3 bytes ou menos.
Para tabelas MyISAM , é o menor de 16 colunas ou 1.000 bytes.
http://dev.mysql.com/doc /refman/5.0/en/myisam-storage-engine.html