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Crie JSON multinível com PHP e MySQL


O JSON_OBJECT é retornado ao PHP como uma string (como prodigitalson comentado)

Você quer ter todos os seus dados como uma matriz associativa.

Para fazer isso, no exemplo que você postou, json1 deve ser passado através de json_decode . 
while ($row = mysqli_fetch_assoc($result)) {
        $row['json1'] = json_decode( $row['json1'], true ); // <----
        $resultArray[] = $row;
}
return $resultArray;

Agora você deve obter o resultado desejado:
echo json_encode($resultArray);