Como imprimir cada item resultante do agrupamento por instrução

Você pode JOIN sua consulta de volta na tabela principal como uma subconsulta, para obter as linhas e nomes de arquivos originais:

SELECT 
  main.number, 
  main.file
FROM 
  table AS main
  /* Joined against your query as a derived table */
  INNER JOIN (
    SELECT number, COUNT(*) AS sum domains 
    FROM table
    WHERE RIGHT(file, 2) = '_1' 
    GROUP BY number 
    HAVING sum domains > 1
    /* Matching `number` against the main table, and limiting to rows with _1 */
  ) as subq ON main.number = subq.number AND RIGHT(main.file, 2) = '_1'

https://sqlfiddle.com/#!2/cb05b/6

Observe que substituí seu LIKE '%_1' com RIGHT(file, 2) = '_1' . Difícil dizer qual será mais rápido sem um benchmark.