Embora o UTF-8 nem sempre tenha 3 bytes para cada caractere, o MySQL está reservando 3 bytes por caractere para índices.
Se o seu aplicativo permitir (ou seja, não for usado em uma restrição UNIQUE KEY), redefina / ALTER a tabela para usar uma chave de prefixo de comprimento apropriado (ou seja, <1000/3).
CREATE TABLE minha_tabela....KEY meu_campo_20 (meu_campo(20));