Como você lida com ', aspas simples em nomes de pessoas em php, javascript

Você está passando por muito trabalho de anexação de strings confuso e propenso a erros apenas para gerar uma variável javascript. O que você deve fazer é construir a estrutura de dados que você quer em PHP (um array de arrays) e então usar json_encode() para emitir um literal compatível com javascript. Todas as aspas serão automaticamente escapadas pelo codificador.

$itemOutput = array();
if(count($items)) {
    foreach($items as $item) {
        foreach($advisors as $key=>$advisor) {
            if($item['advisor']==$advisor['id']) {
                $ad=$advisor['last_name'];
            }
        }
        $active_icon = ($item['active']=='1'?'tick':'cross');
        $editlink = anchor('auth/admin/members/form/'.$item['id'],$this->bep_assets->icon('pencil'));
        $itemOutput[] = array(
            $item['first_name'],
            $item['last_name'],
            $item['email'],
            $item['parent_email'],
            $item['parent_email2'],
            $ad,
            $this->beep_assets->icon($active_icon),
            $editLink
        );
    }
}
echo "data.addRows(" . json_encode($itemOutput) . ");" ;

Se você tiver um objeto ou um array associativo, ele será emitido como um objeto javascript:

echo json_encode( 
    array( 'a'=>'aa', 'b'=>'bb'),
    array( 'c'=>'cc', 'd'=>'dd')
);
==> [{"a":"aa","b":"bb"},{"c":"cc","d":"dd"}]