Uma possibilidade é que possa haver outros problemas causando problemas de desempenho - 6 segundos parece excessivo para operações CRUD, mesmo em um banco de dados complexo. Tenha em mente que (no passado) o ArsDigita poderia lidar com 30 acessos por segundo em um Sun Ultra 2 (IIRC) bidirecional com configuração de disco bastante modesta. Um servidor moderno de médio alcance com um layout de disco sensato e ajuste apropriado deve ser capaz de lidar com uma carga de trabalho bastante substancial.

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  Está faltando um índice? - verifique os planos de consulta das consultas lentas para verificações de tabela onde elas não deveriam estar.
  
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  Qual é o layout do disco no servidor? - você precisa atualizar seu hardware ou corrigir alguns problemas de configuração de disco (por exemplo, discos insuficientes, logs no mesmo volume que os dados).
  
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  Como o outro pôster sugere, você pode querer usar o InnoDB nas tabelas fortemente escritas.
  
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  Verifique a configuração para uso de memória no servidor de banco de dados. Você pode querer configurar mais cache.
  

Editar: Os logs de banco de dados devem residir em seus próprios discos silenciosos. Eles usam um padrão de acesso sequencial com muitas pequenas gravações sequenciais. Onde eles compartilham discos com uma carga de trabalho de acesso aleatório, como arquivos de dados, o acesso aleatório ao disco cria um grande gargalo de desempenho do sistema nos logs. Observe que este é o tráfego de gravação que precisa ser concluído (ou seja, gravado no disco físico), portanto, o armazenamento em cache não ajuda nisso.