Basicamente, se você mantiver
pconnect=false em database.php então a conexão será fechada no final da execução de cada script automaticamente e por padrão será definida como false . Bem, se você quiser, então você pode usar
$this->db->close();
após cada execução de consulta para fechar a conexão manualmente e usar
$this->db->initialize();
antes de qualquer execução de consulta para inicializar a conexão novamente após fechá-la.