->where() suporta passar qualquer string para ele e ele a usará na consulta, desde que você passe um segundo e terceiro parâmetro de NULL e FALSE respectivamente. Isso informa ao CI para não escapar da consulta.
$where_query = "p.user_id = $user_id OR p.user_id IN (SELECT user_id FROM user_followers WHERE follower_id = $user_id)";
->where($where_query,NULL,FALSE);
Como alternativa, você pode conferir esta biblioteca de subconsultas https://github.com/EllisLab/CodeIgniter/ wiki/Subconsultas
