Não, mysqli_query não mudará automaticamente o nível de isolamento. Conectar-se através do mysqli é, de muitas maneiras, como conectar-se através do mysql cli. Em ambos os casos, você obterá o nível de isolamento padrão. E assim como o cli, o mysqli não pode fazer nenhuma suposição sobre quais declarações virão através da conexão.
De qualquer forma, se você tiver alguns bons motivos para se preocupar com o nível de isolamento, acho que você deve apenas configurá-lo explicitamente, por exemplo:
$mysqli_connection->query("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ UNCOMMITTED");
Dessa forma, você pode garantir que tenha o nível de isolamento desejado e pode comentar seus motivos no código.
