Ok, eu consegui encontrar uma solução "limpa", usando o join, set, etc. do codeigniter.>join(), etc. como escapar e adicionar aspas.
Então, primeiro, faça todas as suas coisas de CI:
$this->db->join(..) // Set all your JOINs
$this->db->set(..) // Set your SET data
$this->db->where(..) // Set all your WHEREs
Em seguida, você pode criar a consulta usando os elementos de consulta prontos, limpos e com escape do Active Record:
// JOIN
$sql = "UPDATE $this->baseTable ";
$sql .= implode(' ', $this->db->ar_join);
// SET
$sql .= ' SET';
$setArray = array();
foreach ($this->db->ar_set as $column=>$newValue)
array_push($setArray, " $column = $newValue");
$sql .= implode(',', $setArray);
// WHERE
$sql .= ' WHERE '.implode(' ', $this->db->ar_where);
$this->db->query($sql);
Se alguém tiver uma solução melhor, aceitarei com prazer e a usarei