Disclaimer:Eu sou o mantenedor do Sequel.

Sequel provavelmente seria a maneira mais fácil de fazer isso. A ferramenta bin/sequel pode copiar um banco de dados MySQL para um banco de dados SQLite, portanto, se você observar o código-fonte para isso (http://github.com/jeremyevans/sequel/blob/205d8a04842c143736de76d645a2a955a1ca641f/bin/sequel ), você pode ter uma ideia de como fazer isso com o Sequel.

Devido à maneira como as coisas são construídas, provavelmente é mais fácil copiar o esquema diretamente e, em seguida, descartar as colunas desnecessárias. Alternativamente, eu apenas escreveria o código para criar o esquema de banco de dados SQLite que eu queria.

O código para copiar os dados provavelmente pode usar uma versão modificada do que está em bin/sequel.