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Conecte um aplicativo da web no contêiner do tomcat ao contêiner do mysql via hibernação


Acho que tenho uma ideia de por que você está recebendo essa exceção. Você está executando 2 contêineres,
  1. recipiente mysql para banco de dados
  2. Contêiner do Tomcat

Certamente, sua exceção é devido à exceção de inicialização de variável estática, 
public static final SessionFactory sessionFactory = buildSessionFactory();

Além disso, seu arquivo de propriedade tem poucos problemas,
  1. connection.url deve ser hibernate.connection.url
  2. Você mencionou seu nome de host mysql como localhost, mas ele está sendo executado em outro contêiner. Você deve alterá-lo para "mysql" se nomeou seu contêiner mysql como "mysql"
java.net.ConnectException: Connection refused (Connection refused)
at java.net.PlainSocketImpl.socketConnect(Native Method)
at java.net.AbstractPlainSocketImpl.doConnect(AbstractPlainSocketImpl.java:350)
at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connectToAddress(AbstractPlainSocketImpl.java:206)
at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connect(AbstractPlainSocketImpl.java:188)
at java.net.SocksSocketImpl.connect(SocksSocketImpl.java:392)
at java.net.Socket.connect(Socket.java:589)
at com.mysql.jdbc.StandardSocketFactory.connect(StandardSocketFactory.java:214)
at com.mysql.jdbc.MysqlIO.<init>(MysqlIO.java:298)

Mostra claramente que o seu ou
  1. Mysql não está rodando. Verifique fazendo uma conexão do cliente sql como esquilo.

  2. O contêiner do Tomcat não pode se conectar ao contêiner do mysql. Verifique um ping rápido fazendo 
    docker exec tomcat ping mysql

Demorei um pouco para implantar este aplicativo. Eu resolvi o problema que você colocou nesta pergunta. O principal problema era que o mysql não era acessível a partir do contêiner do tomcat. Além disso, a porta especificada também não estava correta. A seguir está hibernate.cfg.xml, 
<!DOCTYPE hibernate-configuration PUBLIC
    "-//Hibernate/Hibernate Configuration DTD 3.0//EN"
    "http://www.hibernate.org/dtd/hibernate-configuration-3.0.dtd">

<hibernate-configuration>
    <session-factory>

<!-- queste configurazioni sono per il testing in locale  -->
<property name="connection.driver_class">com.mysql.jdbc.Driver</property>
<property name="connection.url">jdbc:mysql://mysql:3306/AT_DB</property>

<property name="hibernate.connection.username">root</property>
<property name="connection.password">lxit</property>

 ....rest of configuration....      

    </session-factory>
</hibernate-configuration>

Existem alguns problemas como seguir, 
17-Feb-2017 16:07:53.156 INFO [http-nio-8080-exec-1] org.hibernate.dialect.Dialect.<init> HHH000400: Using dialect: org.hibernate.dialect.MySQLDialect
17-Feb-2017 16:07:53.776 INFO [http-nio-8080-exec-1] org.hibernate.tool.schema.extract.internal.InformationExtractorJdbcDatabaseMetaDataImpl.processGetTableResults HHH000262: Table not found: ClientUser
17-Feb-2017 16:07:53.777 INFO [http-nio-8080-exec-1] org.hibernate.tool.schema.extract.internal.InformationExtractorJdbcDatabaseMetaDataImpl.processGetTableResults HHH000262: Table not found: ClientUser
17-Feb-2017 16:07:53.818 INFO [http-nio-8080-exec-1] org.hibernate.tool.schema.extract.internal.InformationExtractorJdbcDatabaseMetaDataImpl.processGetTableResults HHH000262: Table not found: Post
17-Feb-2017 16:07:53.819 INFO [http-nio-8080-exec-1] org.hibernate.tool.schema.extract.internal.InformationExtractorJdbcDatabaseMetaDataImpl.processGetTableResults HHH000262: Table not found: Post
17-Feb-2017 16:07:53.828 INFO [http-nio-8080-exec-1] org.hibernate.tool.schema.extract.internal.InformationExtractorJdbcDatabaseMetaDataImpl.processGetTableResults HHH000262: Table not found: SessionToken
17-Feb-2017 16:07:53.828 INFO [http-nio-8080-exec-1] org.hibernate.tool.schema.extract.internal.InformationExtractorJdbcDatabaseMetaDataImpl.processGetTableResults HHH000262: Table not found: SessionToken
17-Feb-2017 16:07:53.830 WARN [http-nio-8080-exec-1] org.hibernate.tool.schema.internal.ExceptionHandlerLoggedImpl.handleException GenerationTarget encountered exception accepting command : Unable to execut

Mas isso se deve à diferenciação de maiúsculas e minúsculas do unix, que provavelmente não existia no caso do Windows. Resto da exceção são triviais para resolver. Eu corri seguindo os comandos do docker, 
 sudo docker run -ti --rm -p 8888:8080 -p 8009:8009 -v $(pwd):/usr/local/tomcat/webapps/ --name tomcat tomcat:9-jre8 bash

 sudo docker run -d --name mysql -p 49162:3306 -p 49161:80 -p 49160:22 lxitgto/mysql-phpmyadmin:v1

e resto do comando de rede.