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otimização de consulta - 'onde não está' em si mesmo


Algo assim pode funcionar mais rápido porque não usa a instrução IN que pode estar fazendo loop repetidamente em uma tabela na memória. Faça backup e tente
DELETE 
FROM `table` main
WHERE STR_To_DATE( main.Timestamp , '%a %b %d %H:%i:%s CST %Y' )<
  (SELECT  MAX( STR_To_DATE( sub.Timestamp , '%a %b %d %H:%i:%s CST %Y' ) 
   FROM `table` sub
   WHERE sub.Retrieving_User = main.Retrieving_User )
AND main.Retrieving_User = 'userID'