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Analise os resultados da consulta mySQL e form array para if/else


Se você precisar que esses dados sejam carregados em in_array , então deve estar em um formato de matriz, você não pode usar uma string json. 
$stmt = $dbh->prepare('SELECT DISTINCT cohort_id FROM table_cohorts'); 
$stmt->execute();
$cohort_ids = array();
while($row = $stmt->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)) {
    $cohort_ids[] = $row['cohort_id'];
}

if(in_array($user_input, $cohort_ids)) {
    // do the rest
} else {
    // oops your input is not any of those
}