Você deve ter que definir a data e hora. Sua coluna created_at será atualizada automaticamente para o timestamp atual na inserção. Consulte a documentação em Inicialização e atualização automáticas para TIMESTAMP .
Sua declaração deve ser
cursor.execute("""INSERT INTO temps VALUES (%s,%s,CURRENT_TIMESTAMP)""",(avgtemperatures[0],avgtemperatures[1]))
