Escrevi um post altamente avaliado sobre uma solução que chamo de Closure Table:Qual é a maneira mais eficiente/elegante de analisar uma tabela plana em uma árvore?
Também abordo esse design em minha apresentação Modelos para dados hierárquicos com SQL e PHP e no meu livro SQL Antipatterns:Avoiding the Pitfalls of Database Programming .
E já respondi perguntas sobre consultas de dados hierárquicos muitas vezes no Stack Overflow:https://stackoverflow.com/search?q=user%3A20860+%5Bhierarchical-data%5D
Quassnoi escreveu uma série épica de artigos de blog sobre como consultar árvores no MySQL:http://explainextended.com/2009/07/22/hierarchial-queries-in-mysql-identifying-trees/
Quassnoi também respondeu a várias perguntas no Stack Overflow sobre dados hierárquicos:https://stackoverflow.com/search?q=user%3A55159+%5Bhierarchical-data%5D