Se você deseja implementar um clone de IRC, acho que escolheu todas as ferramentas erradas.

A melhor maneira de fazer isso seria escrever um servidor HTTP personalizado que tratasse de tudo na memória. Sem bancos de dados, sem pesquisa constante de arquivos. Quando uma mensagem chega, você simplesmente percorre a lista correta na memória e envia a mensagem para outros usuários. Para a conexão do navegador ao servidor, sugiro "Comet " (com web sockets para navegadores que os suportam, se você estiver com vontade).

O PHP provavelmente não é a linguagem de escolha para isso, porque praticamente todo o trabalho feito com o PHP é baseado em solicitações tradicionais curtas e isoladas. Para um processo de longa duração que atende a vários clientes em tempo real, sugiro algo como Python ou Node.js.