Mysql
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PHP - passe o valor oculto para o jquery


Não há necessidade de usar uma entrada oculta, basta usar o button em vez disso, marque:
<?php while($row = mysqli_fetch_array($result)) { ?>
    <tr>
        <td align="center"><?php echo $row['dept_ID']; ?></td>
        <td align="center"><?php echo $row['dept_name']; ?></td>
        <td>
            <button type="submit" name="departmentID" class="buttonsPromptConfirmDeleteDepartment" value="<?php echo $row['dept_ID']; ?>">Delete</button>
        </td>
    </tr>
<?php } ?>

Claro, no script PHP que faz o processamento do formulário, acesse o índice POST como faria normalmente:
$id = $_POST['departmentID'];
// some processes next to it

Observação:não esqueça do <form> marcação.

Nota adicional:não se esqueça de usar declarações preparadas :
$sql = 'DELETE FROM department WHERE dept_ID = ?';
$stmt = $dbc->prepare($sql);
$stmt->bind_param('i', $id);
$stmt->execute();
// some idea, use error checking when necessary
// $dbc->error