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Spring data jpa findByDate está sempre retornando uma lista vazia


Você gerou seu esquema de banco de dados? Já tentou gerar?

Se for possível gerar (com drop), configure a seguinte propriedade em seu application.properties.
spring.jpa.hibernate.ddl-auto=create-drop

Potencialmente, você tem diferentes tipos de dados (por exemplo, data vs. datetime) em seu banco de dados e usados ​​por dados de primavera. Eu recriei seu projeto e tudo funcionou bem com H2 e MySQL.

EDITAR:

Tente atualizar a descrição da sua coluna da seguinte forma:
@Column(name = "creation", columnDefinition="TIMESTAMP(6)")
@Temporal(TemporalType.TIMESTAMP)
private Date creation;

Pode haver diferentes precisões. Veja meu código:

Aula de pedido.
@Entity
@Table(name = "Ordr")
public class Order implements Serializable {

    private static final long serialVersionUID = 1L;

    @Id
    @GeneratedValue(strategy=GenerationType.AUTO)
    private Long id;

    @Column(name = "creation", columnDefinition="TIMESTAMP(6)")
    @Temporal(TemporalType.TIMESTAMP)
    private Date creation;

    // getters and setters
}

Classe de bean de teste.
@Component
public class SomeBean {

    @Autowired
    private OrderRepository orderRepository;

    @PostConstruct
    public void init() {

        Date date = new Date();

        Order order = new Order();
        order.setId(1L);
        order.setCreation(date);

        orderRepository.save(order);

        Date creationFromDB = orderRepository.findOne(1L).getCreation();

        System.out.println("eq? : "+ new Date(creationFromDB.getTime()).equals(order.getCreation()));
        List<Order> ods = orderRepository.findByCreation(creationFromDB);
        List<Order> ods2 = orderRepository.findByCreation2(creationFromDB);
        System.out.println("\n ods.size: " + ods.size() +", ods2.size: "+ods2.size());

    }
}

Resultado:eq? :trueods.size:1, ods2.size:1

Consulta de banco de dados:
mysql> select * from ordr;
+----+----------------------------+
| id | creation                   |
+----+----------------------------+
|  1 | 2016-08-03 15:15:12.386000 |
+----+----------------------------+
1 row in set (0,00 sec)