É possível resolver este problema mapeando sua associação duas vezes da seguinte maneira com
@Where anotação. @ManyToMany(mappedBy = "agents")
@Where(clause = "status = 'ACTIVE'")
private List activeMissions
@ManyToMany(mappedBy = "agents")
private List missions
A explicação completa pode ser encontrada aqui https://thoughts- on-java.org/hibernate-tips-filter-entities-mapped-association/
