meus passos para "sincronizar" mais como backup super rápido
1.- no windows converta seu banco de dados com isso
http://www.bullzip.com/products/a2m/info.php
converte rapidamente a maior parte do banco de dados em YOURDATABASE.sql
2.- no linux (eu uso Ubuntu)
já que você deve fazer isso com frequência eu recomendo um script para correções.
exemplo meu:
#!/bin/bash
#edita tablas
szAnswer=$(zenity --title="YOURDATABASE" --entry --text "some text" --entry-text "");
fromdos $szAnswer;
sed -i 's/DATETIME\ DEFAULT\ .*/DATE,/g' $szAnswer;
sed -i 's/DATETIME/DATE/g' $szAnswer;
sed -i 's/FLOAT/DECIMAL(10,2)/g' $szAnswer;
sed -i 's/(NULL,/(\ ,/g' $szAnswer;
sed -i 's/ NULL);/\ );/g' $szAnswer;
sed -i 's/,\ NULL,/,\ ,/g' $szAnswer
o programa zenity é padrão no ubuntu, você precisa de "fromdos" para retornos de carro no windows
então :3.- mysql -u theuser -pthepass
mysql>source YOURDATABASE.sql
e você é feito em cerca de 5 minutos.