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MySQL - SHOW VARIABLES LIKE '%version%' não está funcionando no meu aplicativo Java


Você pode usar o GLOBAL_VARIABLES do INFORMATION_SCHEMA e SESSION_VARIABLES tabelas assim:
SELECT * 
FROM information_schema.global_variables 
WHERE variable_name LIKE '%version%';

Saída de amostra:
|           VARIABLE_NAME |                       VARIABLE_VALUE |
|-------------------------|--------------------------------------|
|          INNODB_VERSION |                               5.5.32 |
|        PROTOCOL_VERSION |                                   10 |
|         VERSION_COMMENT | MySQL Community Server (GPL) by Remi |
|                 VERSION |                               5.5.32 |
| VERSION_COMPILE_MACHINE |                               x86_64 |
|      VERSION_COMPILE_OS |                                Linux |
|  SLAVE_TYPE_CONVERSIONS |                                      |

Aqui está SQL Fiddle demonstração.

ATUALIZAÇÃO (com base em seus comentários)


Você pode especificar todos os nomes de variáveis ​​que você precisa com IN cláusula
SELECT * 
FROM information_schema.global_variables 
WHERE variable_name IN ('version', 'hostname', 'port');

Saída de amostra:
| VARIABLE_NAME | VARIABLE_VALUE |
|---------------|----------------|
|       VERSION |         5.5.32 |
|      HOSTNAME |            db2 |
|          PORT |           3306 |

Aqui está SQL Fiddle demonstração.