Na minha opinião SQLite e Apache Derby (http://db.apache.org/derby/ ) são bons para esse plano. Alguns anos atrás eu fiz essas coisas com derby e ainda está em execução. Naquela época eu apenas empacotava a pasta que continha o jre, o programa, libs (jar's) e a pasta de dados do derby.

Pelo que me lembro:sqlite era muito fácil de usar enquanto o derby é mais overhead aprender.