Você pode usar o banco de dados incorporável H2 para este caso. Ele vem como um único jar que pode ser incluído em seu aplicativo (tem tudo nele, incluindo o driver e o mecanismo). Os dados serão gravados em um determinado local no disco (arquivo db) para que os dados armazenados também sejam portáteis. H2 é bastante robusto e suporta as consultas SQL padrão. É uma escolha popular para esses casos de uso.