Se você tiver as permissões apropriadas, poderá fazê-lo diretamente no MySQL com o LOAD DATA INFILE comando, veja http://dev.mysql.com/ doc/refman/4.1/en/load-data.html ou o mysqlimport utilitário, consulte http://dev.mysql.com/doc/ refman/4.1/en/mysqlimport.html

Ambos os métodos permitirão que você especifique em quais colunas os dados devem entrar, por exemplo:

LOAD DATA INFILE 'myfile.txt' INTO TABLE 'mytable' (col1, col2, col3, ...)

ou

mysqlimport --columns='col1,col2,...' tablename.csv

Se você pretende fazer isso a partir do PHP, você deve ser capaz de ler cada linha do arquivo CSV e executar uma consulta SQL INSERT apropriada nomeando as colunas apropriadas (embora isso não seja tão eficiente quanto fazê-lo diretamente no MySQL).

EDIT:Devo acrescentar que você não mencionou o que tentou até agora ou o que está achando difícil; se você está preso em algo em particular, em vez de apenas procurar sugestões sobre como fazê-lo, atualize a pergunta para dizer isso.