Como as declarações preparadas pelo lado do servidor são desativado por padrão de Connector/J 5.0.5 em , há uma boa chance de que combinado com a introdução de fractional segundo suporte no MySQL 5.6.4 eles causam o seu problema.

Tente adicionar useServerPrepStmts=false à sua string de conexão (que também deve garantir que System.out.println realmente imprime o SQL que é executado e não apenas uma aproximação).