Suponho que seu problema seja que o script pode ser executado por muito tempo antes de enviar a primeira consulta UPDATE.
Você deve verificar o valor wait_timeout em my.cnf. Você pode verificar seu wait_timeout executando a consulta "SHOW VARIABLES;"
Você também pode tentar um pedaço de código para fazer uma reconexão:
if (!mysql_ping ($conn)) {
//here is the major trick, you have to close the connection (even though its not currently working) for it to recreate properly.
mysql_close($conn);
$conn = mysql_connect('localhost','user','pass');
mysql_select_db('db',$conn);
}
Combinando com seu código ficaria:
mysql_connect("localhost", "xxx", "xxx") or die(mysql_error());
mysql_select_db("xxx") or die(mysql_error());
$sql = mysql_query("SELECT id FROM db");
while ($data = mysql_fetch_assoc($sql)) {
if (!mysql_ping ()) {
//here is the major trick, you have to close the connection (even though its not currently working) for it to recreate properly.
mysql_close();
mysql_connect("localhost", "xxx", "xxx") or die(mysql_error());
mysql_select_db("xxx") or die(mysql_error());
}
$ids[] = $data['id'];
$content = file_get_contents("http://www.id.com/?id=$id");
if (stristr($content, "the id is ok man")) {
mysql_query("UPDATE db SET status = 'OK' WHERE id = '$id'");
}
}