Mysql
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php, o servidor mysql foi embora


Suponho que seu problema seja que o script pode ser executado por muito tempo antes de enviar a primeira consulta UPDATE.

Você deve verificar o valor wait_timeout em my.cnf. Você pode verificar seu wait_timeout executando a consulta "SHOW VARIABLES;"

Você também pode tentar um pedaço de código para fazer uma reconexão:
if (!mysql_ping ($conn)) {
   //here is the major trick, you have to close the connection (even though its not currently working) for it to recreate properly.
   mysql_close($conn);
   $conn = mysql_connect('localhost','user','pass');
   mysql_select_db('db',$conn);
}

Combinando com seu código ficaria:
mysql_connect("localhost", "xxx", "xxx") or die(mysql_error());
mysql_select_db("xxx") or die(mysql_error());
$sql = mysql_query("SELECT id FROM db");
while ($data = mysql_fetch_assoc($sql)) {
    if (!mysql_ping ()) {
       //here is the major trick, you have to close the connection (even though its not currently working) for it to recreate properly.
       mysql_close();
       mysql_connect("localhost", "xxx", "xxx") or die(mysql_error());
       mysql_select_db("xxx") or die(mysql_error());
    }

    $ids[] = $data['id'];
    $content = file_get_contents("http://www.id.com/?id=$id");
    if (stristr($content, "the id is ok man")) {
        mysql_query("UPDATE db SET status = 'OK' WHERE id = '$id'");
    }
}