Eu verificaria se você tem alguma referência de chave estrangeira para essa coluna. Nesse caso, talvez seja necessário remover os relacionamentos externos definidos para essa coluna, renomeá-los e, em seguida, recolocar os relacionamentos de chave externa no lugar com o novo nome da coluna.
Eu acho que o MySQL está ficando preso ao fato de que quando você renomeia, os relacionamentos FK não são mais válidos e está gerando um erro.
EDIT:ConfirmadoFK Rename in MySQL
Você precisará fazer algo assim:
alter table yourTable drop foreign key yourID
