Depende da finalidade da "tabela de junção". Se você quiser apenas uma junção de todos os registros entre as outras duas tabelas, use uma junção para isso. Se você deseja uma correlação "muitos para muitos", não há realmente uma maneira automatizada de saber quais devem ser associadas.

Se, no entanto, você quiser simular uma junção e simplesmente "pré-carregar" todos os relacionamentos em uma tabela muitos para muitos (útil se você quiser relacionamentos padrão que possam ser desabilitados ou manipulados posteriormente), você poderá usar gatilhos para isso.

Independentemente disso, você precisará usar consultas separadas para cada tabela, pois o MySQL não pode inserir em várias tabelas com uma única consulta.