Primeiro pare o MySQL (e assegure-se de que não haja nenhum processo MySQL em execução), remova os arquivos ib_logfile* do diretório de dados do mysql e inicie o MySQL novamente. Em seguida, ele recriará esses arquivos. Estes são os comandos:
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
mv ib_logfile0 ~/
mv ib_logfile1 ~/
/etc/init.d/mysql start
O acima move os arquivos de log para a pasta pessoal do usuário apenas no caso de precisarmos restaurá-los.
