Eu recomendo que você atualize o workbench, eu estava tendo o mesmo problema apenas quando eu uso meu mac, as tabelas foram criadas sem restrições mas se você executar o sql gerado ele criará tudo corretamente, eu uso meu windows para criar e funcionou perfeito, depois de muito teste atualizo a versão do workbench no meu mac e agora está tudo funcionando perfeitamente.