Um para muitos/muitos para muitos SQL

O que você realmente precisa é de uma tabela para as academias, uma para os cursos e uma tabela de relacionamentos onde você possa armazenar os relacionamentos muitos-para-muitos. Deixo-te a consulta para obteres o resultado que procuras :)

CREATE TABLE academy
(
  academy_id int(11) not null auto_increment,
  name varchar(25) not null,
  primary key (id),
 );

CREATE TABLE course
(
course_id     int(11) not null auto_increment,
course_name   VARCHAR(50)  NOT NULL ,
primary key (course_id),
); 

CREATE TABLE accademy_course
(
  academy_id int(11) not null,
  course_id     int(11) not null ,
  primary key (academy_id, course_id),
  foreign key (academy_id) REFERENCES academy (academy_id) on delete cascade,
  foreign key (course_id) REFERENCES course (course_id) on delete cascade
);