Meu reflexo é uma subconsulta:
select count(capture_id) as count_captures,
(select count(id) as count_items
from items i where i.creator_user_id = captures.user_id) as count_items
from captures
where user_id = 9
Não tenho certeza do que você pode fazer para evitar isso. Você está vendo o comportamento esperado (e geralmente desejado).
Claro, se você sabe que os IDs em ambos não se repetirão, você pode usar distinct:
SELECT COUNT( DISTINCT capture_id) as count_captures,
COUNT( DISTINCT items.id) as count_items
FROM captures
LEFT JOIN items ON captures.user_id = items.creator_user_id
WHERE user_id = 9
