Como verificar se o ID do usuário do Facebook já existe antes de iniciar o aplicativo?

Para obter o ID do Facebook do usuário, você precisa fazer a chamada da Graph API. Para fazer essa chamada de API, primeiro você precisa pedir permissão ao usuário chamando esta parte do seu código:

   // this part is to ask permissions for user

   $loginUrl = "http://www.facebook.com/dialog/oauth?client_id=" . 
   $app_id . "&redirect_uri=" . urlencode($app_url) . "&scope=email";
   echo("<script> top.location.href='" . $loginUrl  . "'</script>");

Somente após o usuário dar permissão, você pode obter o ID do Facebook do usuário chamando essa parte do seu código

  $user_profile = $facebook->api('/me');