Você está procurando apenas um nome de coluna entre todos os nomes de coluna em toda a instância do MySQL. Você também precisa filtrar por esquema (=banco de dados) e nomes de tabela:
IF EXISTS(SELECT * FROM INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS WHERE COLUMN_NAME = N'CustomerVariable1Value' AND TABLE_NAME = 'MyTableName' AND TABLE_SCHEMA = 'MyDatabase')
