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Removendo a última vírgula dentro do loop while - PHP


Toda a sua abordagem está errada, você não deve tentar criar JSON manualmente. Coloque todas as linhas em um array e deixe json_encode() faça tudo por você. 
$result = array();
while ($r = mysql_fetch_assoc($sth)) {
    $result[] = $r;
}
echo json_encode($result);