Mysql
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opções de instrução case divididas em duas colunas de saída


Você precisa de 2 expressões CASE:
SELECT    f.id, 
          CASE WHEN id_user IS NOT NULL THEN url END url,
          CASE WHEN id_user IS NULL THEN landing_page END landing_page
FROM      funzioni f
LEFT JOIN funz_abilitate fa ON fa.id_funzione = f.id AND fa.id_user = $id

Além disso, você deve qualificar todos os nomes de coluna com o nome/alias da tabela para evitar ambiguidades.