Mysql
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Codeigniter não pode excluir linhas da tabela de banco de dados usando o método de junção


Faça uso de subconsultas.

exemplo

#Create where clause
$this->db->select('id');
$this->db->from('table2');
$this->db->where('table2.title', $title);
$where_clause = $this->db->get_compiled_select();

#Create main query
$this->db->where('table1.user_id', $user_id); 
$this->db->where("`id` NOT IN ($where_clause)", NULL, FALSE);
$this->db->delete('table1'); 

Referências