A resposta curta é não. Você só pode definir um único local para
secure-file-priv . Dito isso, cada subdiretório da configuração pode ser gravada.
Se você quisesse escrever em qualquer lugar do sistema, configuraria assim:
[mysqld]
secure-file-priv="/"
É importante observar que qualquer arquivo criado por
into outfile é gravável por todos os usuários
. 
