Percebo que muitos de seus threads do InnoDB estão presos no estado de "limpeza".

Há um bug https://bugs.mysql.com/bug.php?id=78777 sobre os threads estarem presos nesse estado. É relatado para ser corrigido no MySQL 5.6.35, 5.7.17, 8.0.1. Você deve atualizar para essas versões se ainda não o fez.

Outra sugestão é aumentar o tamanho de table_open_cache . Monitore as variáveis ​​de status Open_tables e Opened_tables .

Mais leitura:

• https://dev.mysql.com/ doc/refman/5.7/en/table-cache.html
• https://dba.stackexchange.com/ question/45551/how-to-optimize-table-cache para algumas dicas.