Eu encontrei isso no manual do mysql http://dev.mysql .com/doc/refman/5.1/en/alter-table.html :

Então, sim - é complicado minimizar o tempo de inatividade ao fazer isso. Depende do perfil de uso da sua tabela, há mais leituras/gravações?

Uma abordagem que posso pensar é usar algum tipo de replicação. Portanto, crie uma nova tabela de alertas que use UTF-8 e encontre uma maneira de replicar a tabela original para a nova sem afetar a disponibilidade / taxa de transferência. Quando a replicação estiver completa (ou perto o suficiente), troque a tabela renomeando-a ?

Claro que isso é mais fácil dizer do que fazer - precisa de mais aprendizado, se for possível.