Declare uma variável antes do seu loop como:
$currentRow = 1 e então dentro e no final do seu loop adicione $currentRow++ Você pode então verificar se sua linha é divisível por 3
if($currentRow % 3 == 0) e dar uma pausa. $currentRow = 1 e então dentro e no final do seu loop adicione $currentRow++ if($currentRow % 3 == 0) e dar uma pausa.