Declare uma variável antes do seu loop como:
$currentRow = 1
e então dentro e no final do seu loop adicione $currentRow++
Você pode então verificar se sua linha é divisível por 3
if($currentRow % 3 == 0)
e dar uma pausa. $currentRow = 1
e então dentro e no final do seu loop adicione $currentRow++
if($currentRow % 3 == 0)
e dar uma pausa.