Bem, você quer dizer otimização de consulta? Acho que EXPLAIN <query> é excelente em dar acertos sobre onde estão os gargalos. Depois disso, redefina seus índices e ...

ATUALIZAÇÃO1: Você pode conferir - ferramentas de otimização MySQL

ATUALIZAÇÃO2: Depois de desenterrar meu código, vejo que costumava fazer 2 coisas para otimização de consulta.

1. Ativar registro de consulta lenta - O MySQL pode gravar consultas SQL caras no log de consultas lentas . Você pode definir suas expectativas em segundos usando o parâmetro long_query_time .
2. comando mysqldumpslow - Após a ativação do log, você pode analisar o conteúdo do log usando mysqldumpslow comando. mysqldumpslow /path/to/your/mysql-slow-queries.log -t 10 . Isso mostrará os 10 principais assassinos de desempenho. Para cada instrução na saída, você pode ver o número de chamadas idênticas, o tempo de execução em segundos, as linhas afetadas e a própria instrução.