O problema que vem são os IDs de usuário usados pelo Mac e Linux, respectivamente. O Mac não gosta que o Linux queira usar o 1 para o ID do usuário.
A maneira como eu trabalhei em torno de toda a loucura de permissões na minha configuração do mac + docker-machine é usar este Dockerfile
FROM mysql:5.6
RUN usermod -u 1000 mysql
RUN mkdir -p /var/run/mysqld
RUN chmod -R 777 /var/run/mysqld
Em vez da imagem simples do MySQL 5.6.
As últimas 2 linhas são necessárias, porque alterar o ID do usuário para o usuário mysql irá atrapalhar a construção das permissões para essa imagem. => você precisa das permissões 777 para executá-lo aqui :/
Eu sei que isso é um pouco hacky, mas até agora a melhor solução que conheço para o problema de permissões aqui.
