Não tenho certeza por que você quer fazer assim, existem maneiras melhores, mas para responder à sua pergunta, faça assim:
$queryDel = "
delete from inscription where NUM_INSCRIPTION= $NUM_INSCRIPTION ;
delete from bource where ID_BOURCE = $ID_BOURCE ;
delete from class where ID_CLASS = $ID_CLASS ;
delete from project where ID_PROJECT = $ID_PROJECT ;
delete from annee_scolaire where ID_ANNEE = $ID_ANNEE ;
delete from eleve where CIN_ELEVE = '$InputCIN'; ";
$result=mysqli_multi_query($con,$queryDel);
e lembre-se também de limpar os resultados, caso contrário você não poderá realizar outra consulta, mas não acho que delete retornará um resultado.
while(mysqli_next_result($con)){;} //clear any remaining query results.
lembre-se também de que, se uma consulta falhar, todas as outras não serão executadas. então, para depurar, tente executar cada consulta separadamente primeiro e verifique se tudo funciona, pois é uma instrução de exclusão, faça backup do banco de dados antes de executar a consulta e restaurar conforme necessário.
