Excluir linhas duplicadas com contagem maior que 1 no mysql

No MySQL você não pode selecionar de uma tabela que você está excluindo ao mesmo tempo. Mas com uma tabela temporária você pode superar esse problema

DELETE FROM `users_acl` 
WHERE userID IN
(
    SELECT * FROM
    (
       SELECT userID
       FROM `users_acl`
       GROUP BY userID 
       HAVING COUNT(userID) > 1
       AND SUM(`acl` = 4) > 0
   ) tmp
);

ou use uma join em vez de

DELETE u
FROM `users_acl` u
JOIN 
(
    SELECT userID
    FROM `users_acl`
    GROUP BY userID 
    HAVING COUNT(userID) > 1
    AND SUM(`acl` = 4) > 0
) tmp on tmp.userID = u.userID