Para sua informação, verifica-se que, ao migrar o banco de dados, existem algumas estatísticas usadas pelo otimizador de mecanismo para decidir a melhor estratégia para, por exemplo, juntar tabelas, que aparentemente não foi copiada.

A solução é executar ANALYZE em cada uma das tabelas para 'reconstruir' tais informações. Então depois de fazer o ANALYZE para cada uma das tabelas, e execute o explain comando novamente, a saída concorda e a velocidade da consulta aumenta drasticamente.