Teoricamente sim. Praticamente, você primeiro precisa obter (ou criar você mesmo) a classe derivada de System.Data.Entity.Migrations.Sql.MigrationSqlGenerator que será responsável por gerar SQL para MySQL. Aqui é mais sobre como personalizar (ou reescrever) a geração de SQL.

Você também pode esperar até que os desenvolvedores do EF com suporte a provedores ADO.NET incluam esse recurso em seus pacotes. Por exemplo, Devart já começou a trabalhar no suporte a migrações para seus Oracle, MySQL, PostgreSQL e SQLite.